pymatgenでのcifファイルの読み込み

pymatgenでcifファイルを読み込むにはpymatgen.io.cif.CifParserを使うが、たまに失敗することがある。

これはcifに書かれているfractional coordinates の精度が低いと、対称操作を施して同じワイコフ位置にある原子の座標を計算する部分がうまくいかないことがあるため。

特にtrigonal, hexagonalが失敗しやすい気がする。

現状の解決法としては、CifParserのsite_toleranceをデフォルトの1e-4から徐々に小さくしていくしかなさそう。

cifに記載されているwyckoff letter の情報からもう少し頑張れる気がするので考えてみる。