pymatgenにはpymatgen.analysis.structure_prediction.volume_predictor.DLSVolumePredictorというクラスがあって、ボンド長のデータベースに基づいて与えられた結晶の体積を予測することができる(すごい)。 DLSVolumePredictor を使えるようにする pymatgen…

pymatgenを使うとVASPの入力ファイルを簡単に作ることができるが、公式ドキュメントにはまとまった記述がなかったので自分用に備忘録を残しておく。 正直、pymatgenのAPIドキュメントを読めばこの記事を読む必要はないと思う。 POTCAR http://pymatgen.org/i…

ガウス過程回帰の課題のひとつとしてスケーラビリティがあります。 データ数をNとしてfitting の時間計算量、predict の時間計算量がであることから大量のデータを扱いたいときは何らかの近似が必要です。そのような近似手法のひとつとして、カーネルを有限…

無機化合物の化学式とユニットセルの情報及び原子の座標から物性値(結合エネルギー・バンドギャップ)を予測するKaggleコンペに参加していた。 Nomad2018 Predicting Transparent Conductors | Kaggle feature engineering の過程で分子および無機結晶の構造…

はじめに 去年の11,12月にマルコフ連鎖モンテカルロ法(MCMC)の集中講義を受けてきました。 講義の中で紹介されたマルチカノニカル法を応用してレアイベントをサンプリングする手法が特に面白かったので、復習も兼ねて実装してみました。 マルチカノニカル法 …