Notion布教と自分の備忘録を兼ねてBoard viewを使ったタスク管理の現状の運用をまとめておく． 複数人による運用は考えない．半日単位くらいで予定を入れられる人向け． テンプレートを↓に作成した．以下はNotionの設定のポイントと現状の運用ルール． seaso…

先日リリースされたspglib 2.0 から自分の実装した磁気空間群の判定・結晶構造のstandardizationが追加された。 リリースノート: Summary of releases — Spglib v.2.0.0 C API: C-APIs — Spglib v.2.0.0 Python API: Spglib for Python — Spglib v.2.0.0 以…

miniMDというLAMMPSの開発チームが作っている軽量(.hと.cpp合わせて6500行程度)なMDコードを眺めた。 github.com まずminiMD/LAMMPSのMPI並列のデザインをまとめてから、miniMD中の該当するコードを参照していく。 Parallel algorithm in miniMD/LAMMPS Spat…

去年の11月からMaterials Project API が新しくなったみたい。 docs.materialsproject.org 今までのfrom pymatgen.ext.matproj import MPResterでpython client を呼ぶのはdeprecate されて、代わりにmp-apiをpip install して from mp_api import MPRester …

既約表現は結晶の対称性を扱うときに強力なツールだが、自分の用途に使えそうなライブラリを見つけられなかった1。 ということで作った: github.com 実装したアルゴリズムや使い方はドキュメントに書いたので、ここでは実装(python)の環境を忘れないうちに書…

LAMMPSで格子変形を許して構造緩和をさせる(fix 1 box/relax tri 0を指定してminimize commandを実行する)とき、初期構造が著しく歪んでいるせいで一度minimizeさせるだけでは収束しきらないことがある。 このケースにハマっている人をたまに見るので、収束…