2022-08-01から1ヶ月間の記事一覧

Spglibに磁気空間群関連の機能を追加した

先日リリースされたspglib 2.0 から自分の実装した磁気空間群の判定・結晶構造のstandardizationが追加された。 リリースノート: Summary of releases — Spglib v.2.0.0 C API: C-APIs — Spglib v.2.0.0 Python API: Spglib for Python — Spglib v.2.0.0 以…

miniMD/LAMMPSのMPI周りを読んだ

miniMDというLAMMPSの開発チームが作っている軽量(.hと.cpp合わせて6500行程度)なMDコードを眺めた。 github.com まずminiMD/LAMMPSのMPI並列のデザインをまとめてから、miniMD中の該当するコードを参照していく。 Parallel algorithm in miniMD/LAMMPS Spat…

Materials Project new API 関連のリンク

去年の11月からMaterials Project API が新しくなったみたい。 docs.materialsproject.org 今までのfrom pymatgen.ext.matproj import MPResterでpython client を呼ぶのはdeprecate されて、代わりにmp-apiをpip install して from mp_api import MPRester …

点群・空間群の既約表現ライブラリを作った+私的Python開発環境2022

既約表現は結晶の対称性を扱うときに強力なツールだが、自分の用途に使えそうなライブラリを見つけられなかった1。 ということで作った: github.com 実装したアルゴリズムや使い方はドキュメントに書いたので、ここでは実装(python)の環境を忘れないうちに書…