年末だしPocketでクリップした記事の中で面白かったものを見返した。あと今年聴いた曲も振り返った。 invenia.github.io scheme手習いを読んでいてYコンビネータで詰まったので読んだ。 arxiv.org JAXを使った分子動力学法のナウい実装。JAXを使うために粒子…

nglviewを使うとASEのAtoms(とpymatgenのStructure)をjupyterlab上で可視化できるのだが、nglviewはドキュメントが少なくてどうやればユニットセルを表示できるのか謎だった。 pyironで同じことをしようとしているコードをさっき見つけたので、それを参考に…

numbaでscipy.specialの関数を使うには、現状自分で拡張を書く必要がある。 support for scipy.special functions : feature request · Issue #3086 · numba/numba · GitHub ↓のノートブックでは球面調和関数用のAPIを作っている。 球面調和関数の返り値は複…

さくっとプロットするには便利だがmatplotlib.pyploy.Axesを使ってくれないので細かい調整をするのは難しそう。 細かい調整をしたかったらplt.gcf()からaxesを取得すればいい。 # plotter: DosPlotter plotter.get_plot() fig = plt.gcf() axes = fig.get_ax…

自作のパッケージを使っているとバージョニングが疎かになりがちなので、gitのcommit hashをパッケージのAPIから取得したい。 いめーじとしては、pandasのpandas.show_versionsみたいな感じ。 pandas.pydata.org ↓のポストだとgit rev-parse HEADかgit descr…

np.einsumは配列の次元が大きくなるとnp.dotとかnp.tensordotよりかなり遅くなるような気がしていた。 しかし、公式ドキュメントによるとoptimizeフラグをgreedyかoptimalにすればかなり速くなるようだ。 numpy.org 実際に以下のnotebookで試すと、optimize…

forkしてきたレポジトリのpre-commitを走らせようとすると以下のようなエラーでてタイムアウトした。 $ pre-commit run [INFO] Initializing environment for https://github.com/pre-commit/pre-commit-hooks. [INFO] Initializing environment for git://g…

REVTeXを使って書いていた原稿のdiffをlatexdiff-vcで取ろうとするとMissing characters near word 7714 character index: 101222-101224 Length: 1 Match: |1| (expected match marked above). みたいなエラーが出て上手く行かない。 調べると(原因も理由も…

matplotlibはデフォルトでtype 3 font を使っているが、論文原稿にはtype 1 fontを使えと言われることが多い。 type 1 font を使うためにrcに以下の設定を加える記事が見つかるが、xlabel/ylabelが複雑だとうまく行かない。 'ps.useafm': True, 'pdf.use14co…

タイトルの通りの目的のためにmatplotlibの勉強をしたのでメモを残しておく。 次のnotebookのように図ごとに明示的にmatplotlibのrcを指定してプロット用の関数を作るのにとりあえず落ち着いている。 gist.github.com rc plt.rcParamsを直接いじるのは好きで…