以前、nglviewで結晶構造をjupyter notebook上で表示させた続き。 nglviewで原子位置を表示させることは簡単にできるが、ボンドや配位多面体が表示されないなど微妙な点があった。 ということで自分用にnglviewの機能を使ってpymatgenのStructureをいい感じ…

Nsight Tools composes of Nsight Systems and Nsight Compute 1. Nsight Systems profiles a whole application (for Pascal and newer). Nsight Compute profiles a CUDA kernel (for Volta and newer). Environment Host Ubuntu 20.04LTS Remote on Singu…

matplotlibでrcParams['font.family'] = 'serif'と設定しているのに font family ['serif'] not found. Falling back to DejaVu Sans とエラーが出てserif体が使えないときは、以下のようにキャッシュを消してmsttcorefontsを入れると直る。 rm -r ~/.cache/…

Crystal Graph Convolutional Neural Network (CGCNN) CGCNNは結晶にGraph Neural Network (GNN)を適用した(おそらく)初めての手法。GNNがやたら流行っている有機分子と違って、結晶の場合はそもそもグラフの作り方が自明でない、結晶の周期性のせいで隣接行…

Materials Project に登録されているデータはmaterial_id(mp-****みたいなやつ)で指定される。だが、2018年の半ばからmaterial_idが一部の結晶では変更されたようなので注意が必要。 それぞれの計算系にはmaterial_idが振られている。そして各計算系には(sin…